Gleby z wysoką zawartością soli, takie jak w regionach nadmorskich lub na terenach solniskowych, są niekorzystne dla grzybów. Zbyt wysokie stężenie soli może zakłócać równowagę wodną w komórkach grzybów, co utrudnia ich rozwój.

Gleby skażone toksycznymi substancjami chemicznymi, takimi jak metale ciężkie czy odpady przemysłowe, mogą być nieprzyjazne dla grzybów. Niektóre toksyny mogą bezpośrednio hamować wzrost grzybni lub niszczyć struktury grzybów.

Grzyby potrzebują dostępu do powietrza w glebie, aby prawidłowo rosnąć. Bardzo zbite gleby, które nie przepuszczają wody ani powietrza, np. niektóre gliny, mogą utrudniać rozwój grzybni.

Choć niektóre grzyby mogą rosnąć na kwaśnych glebach, zbyt niskie pH (np. w glebach kwaśnych torfowisk) może być niekorzystne dla wielu gatunków grzybów. Zbyt kwaśne środowisko może hamować aktywność enzymatyczną grzybów, co utrudnia im przyswajanie substancji odżywczych.