Marian Filar urodził się 6 października 1942 r. w Krośnie, ukończył tamtejsze Liceum Ogólnokształcące, a następnie Pomaturalne Technikum Górnicze w Krakowie. Pracował też w kopalniach węgla kamiennego. Studia prawnicze ukończył na UMK w Toruniu w 1967 r. Doktorat z prawa obronił w 1972 r. również na UMK (na podstawie rozprawy pt. „Przestępstwo zgwałcenia w polskim prawie karnym”). Habilitował się na UMK w 1977 r. (tytuł habilitacji: „Pornografia. Studium z dziedziny polityki kryminalnej”). Tytuł naukowy profesora otrzymał w 1988 r. Trzy lata później został profesorem belwederskim. Na UMK pracował od 1967 r. Najpierw jako asystent w Katedrze Prawa Karnego UMK w latach 1966-1972, później adiunkt (lata 1972-1977), docent (lata 1977-1988), a od 1988 r. profesor. Na toruńskiej uczelni sprawował wiele ważnych funkcji. Był m.in. kierownikiem Katedry Prawa Karnego i Polityki Kryminalnej; prodziekanem Wydziału prawników (w latach 1985-1987); dziekanem Wydziału Prawa i Administracji, którym kierował przez 1 kadencję od 1988 r.; prorektorem UMK (w latach 1990-1993).
Był członkiem polskich i międzynarodowych towarzystw i komitetów naukowych (m.in. Międzynarodowego Stowarzyszenia Prawa Karnego, Towarzystwa Naukowego Prawa Karnego, Polskiej Akademii Wiedzy Seksuologicznej, Polskiej Akademii Medycyny) i komitetów redakcyjnych czasopism naukowych (m.in. „Problemów Prawa karnego”, „Journal of Sex Crime and Social Pathology”). Przebywał na wielu stażach naukowych i wykładał na różnych uniwersytetach zagranicznych (m.in. w Instytucie Maxa Plancka Prawa Karnego Międzynarodowego i Porównawczego we Freiburgu, na Uniwersytecie Rzymskim, Uniwersytecie w Kolonii). Aktywnie działał w polityce: w Kongresie Liberalno-Demokratycznym, potem w Unii Wolności, w Partii Demokratycznej - demokraci.pl, w latach 1997-2001 był wiceprzewodniczącym Trybunału Stanu, w latach 2007-2011 posłem na Sejm RP. W 2006 r. ubiegał się o fotel prezydenta Torunia. W 2015 r. za wybitne zasługi w pracy naukowo-dydaktycznej w dziedzinie nauk prawnych oraz za osiągnięcia w podejmowanej z pożytkiem dla kraju działalności państwowej i publicznej został odznaczony Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski. Był również laureatem Medalu Komisji Edukacji Narodowej.
Prof. Marian Filar pełnił funkcje sekretarza generalnego Towarzystwa Naukowego w Toruniu oraz prezesa Towarzystwa Miłośników Torunia. W 2012 r. w uznaniu zasług prezydent Michał Zaleski wręczył prof. Filarowi najwyższe miejskie wyróżnienie – Medal Thorunium. W 2017 r. naukowiec, wraz z muzykiem Tomaszem Organkiem odsłonił swoją "Katarzynkę" w Piernikowej Alei Gwiazd przed Dworem Artusa.