W salach wystawowych będą prezentowane elementy forteczne w formie makiet, modeli, multimediów i wizualizacji komputerowych. Poznamy dzieje Torunia, kiedy był miastem przygranicznym, rozwój fortyfikacji, wpływ twierdzy na miasto i życie mieszkańców, wojskową codzienność, wybitnych dowódców. Nie zabraknie oryginalnych zabytków, takich jak mundury, uzbrojenie, wyposażenie wojskowe.
Znajdzie się tu między innymi historia garnizonu toruńskiego z międzywojnia - w tym czasie w mieście było ponad 90 jednostek i placówek wojskowych - lotnictwa, marynarki i artylerii.
Toruń był wtedy też największym ośrodkiem szkolnictwa wojskowego w kraju. Warto przypomnieć, że w Toruniu były hale sterowcowa (na Bielanach) oraz balonowa (na Podgórzu), wybudowane przed I wojną. W hali na Bielanach, przejętej w 1920 roku przez polskie wojsko, stacjonował jedyny polski sterowiec Lech. Wszystko będzie do obejrzenia w Muzeum.
Teren wokół przeznaczono na pokazy grup rekonstrukcyjnych i sprzętu wojskowego.
Muzeum Twierdzy Toruń zostanie siódmym oddziałem Muzeum w Okręgowego w Toruniu. Koszt nowej placówki to 22 miliony złotych.